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Vous pouvez maintenant combattre COVID-19 sur votre PC avec Folding@Home

Commençons en rappelant que Folding@Home est un projet informatique animé par l'Université de Stanford actif depuis 2000 (et paf, coup de vieux instantané), dont l'objectif a toujours été d'en apprendre davantage sur le repliement des protéines dans le but de mieux lutter contre les maladies. La particularité, c'est que le programme se base essentielement sur les contributions bénévoles d'utilisateurs comme vous et nous et de la puissance souvent dormante de leurs PC domestiques (et même la PS3 entre 2007 à 2012, et smartphones Android de 2015 à 2018), plutôt que d'avoir recours à un seul gros superordinateur. Ainsi, c'est en concentrant cette puissance de calcul d'un public volontaire sur des problèmes singuliers que l'organisation peut cumuler une puissance digne d'un superordinateur, mais sans le coût que celui-ci représenterait.

 

Ensuite, plaçons la chose dans son contexte. À l'origine, les protéines sont formées d'une ou plusieurs chaînes polypeptidiques, mais pour être fonctionnelles dans le corps humain, celles-ci sont repliées dans une structure tridimensionnelle et c'est dans cette forme que les protéines sont présentes à la surface des cellules, et déterminent ce qui entre et sort d'une cellule. Ce fonctionnement vaut aussi pour le dernier des coronavirus (COVID-19, aussi appelé 2019-nCoV), qui possède des protéines de surface en forme de pointes. Le travail de recherche n'est pas encore terminé, mais les 1ers résultats semblent indiquer que le virus se sert du récepteur ACE2 - une protéine de surface cellulaire présente sur les cellules épithéliales alvéolaires AT2 du poumon - pour déclencher l'infection virale des cellules AT2 du poumon.

 

coronavirus 2019 ncov cdc

Le fameux virus et ses "épines".

 

Bref, pour tenter d'empêcher ou d'arrêter l'infection, il faut donc trouver un moyen de bloquer la protéine présente à la surface du virus, en empêchant le virus de se lier aux protéines de nos propres cellules et de déclencher l'infection virale. Pour y arriver, des simulations informatiques doivent être exécutées afin de découvrir les différentes formes de cette protéine de surface du virus, ainsi que les formes de protéines requises pour arriver à bloquer celle-ci.

 

Évidemment, un tel travail sur des protéines très complexes, composées de centaines de molécules pliées différemment, nécessitera forcément une très grosse puissance de calcul, d'où la décision récente de l'Université de Stanford d'allouer maintenant une partie des ressources de son programme Folding@Home à la recherche sur 2019-nCoV en laissant le choix par défaut "any disease", et en sachant cependant qu'il est toujours possible de sélectionner  la maladie de votre choix via l'interface. Voilà, si vous souhaitez rejoindre le consortium Folding@Home et participer, quelle que soit la taille des muscles de votre machine, que ce soit contre le COVID-19 ou une autre maladie, vous trouverez tout le nécessaire ci-dessous.

 

Pour ceux qui ne connaissent pas encore le programme, sachez qu'il est possible de définir exactement l'allocation de ressources - CPU et GPU - de votre machine, à quel moment le faire et la limite de puissance ; il va de soi qu'une allocation plus ou moins élevée aura forcément un impact sur la consommation et la chauffe de votre machine, et donc la facture électricité. Enfin, Folding@Home n'est pas fanboy, le programme fonctionne (parfois mieux, parfois moins bien selon la compatibilité des pilotes et de l'existence d'un support au sein du programme) avec la majorité du hardware Intel, AMD, et NVIDIA, et sous Windows, Ubuntu, Mint, Debian, MacOS.

 

logo folding at home

 

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Les 35 ragots
Les ragots sont actuellement
ouverts à tous, c'est open bar !
par Un ragoteur bio en Bourgogne-Franche-Comté, le Lundi 09 Mars 2020 à 08h20  
par Matthieu S., le Samedi 07 Mars 2020 à 12h53
Désolé pour l'info tardive. En fait, il suffit de laisser le choix par défaut "any disease" pour contribuer
Ah, ok. Merci.
Message de Un ragoteur des lumières de Bretagne supprimé par un modérateur : t es vraiment penible
par trolllllll en Provence-Alpes-Côte d'Azur, le Samedi 07 Mars 2020 à 16h25  
Par contre je comprends que les gens qui regardent BFM sont inquiétés plus que mesure. Moi Margaux de frouville, elle m'a mis la fièvre, pendant des heures
par choqué en Provence-Alpes-Côte d'Azur, le Samedi 07 Mars 2020 à 15h36  
Non mais ya pas encore de cas chez nous, mais si ils prennent autant de précaution pour la grippe saisonnière, a moins que celle la auto régule le système des retraites, tant apprécié par notre gouvernement. Enfin c'est pas mon sujet de prédilection, je préfère éviter d'étaler mon ignorance
par Thibaut G., le Samedi 07 Mars 2020 à 15h24  
par Choqué en Provence-Alpes-Côte d'Azur, le Samedi 07 Mars 2020 à 14h35
Ma sœur, infirmière dans un grand hôpital, doté d'une jolie intelligence, empathie, sensibilité.. "Alors ma sœur, le coronavirus ?" "Ils nous font chier avec cette grippe.."
bien sur que ça fait chier, quand on fait des examens pour eux y a des tas de précautions à prendre en plus de nettoyer le matériel à fond et les murs? c'ets chronophage forcément
par Choqué en Provence-Alpes-Côte d'Azur, le Samedi 07 Mars 2020 à 14h35  
Ma sœur, infirmière dans un grand hôpital, doté d'une jolie intelligence, empathie, sensibilité.. "Alors ma sœur, le coronavirus ?" "Ils nous font chier avec cette grippe.."
par Matthieu S., le Samedi 07 Mars 2020 à 12h53  
par Unragoteursansespace en Bourgogne-Franche-Comté, le Jeudi 05 Mars 2020 à 09h44
Le choix du covid19 n'est pas encore présent dans les préférences. Cela n'empêche pas d'utiliser le programme, car il y a d'autres causes que ce virus qui méritent un petit coup de pouce généreux.
Désolé pour l'info tardive. En fait, il suffit de laisser le choix par défaut "any disease" pour contribuer
par Thibaut G., le Samedi 07 Mars 2020 à 12h53  
par Un ragoteur des lumières en Île-de-France, le Samedi 07 Mars 2020 à 12h28
De plus un épidémiologiste connu raconte sur youtube, en gros, que pour maîtriser une épidémie, le gouvernement doit raconter des bobards à la population. Il est clair que la population doit réagir contre ça et rechercher la vérité. Et les chiffres, même sous-estimés, parlent, et en disent beaucoup plus que les racontards officiels. Pas besoin d'être médecin pour les interpréter. Les types qui sont morts sont pas des morts-vivants qui se réveilleront plus tard en réa.
épidémiologistes et YouTube = caca.
par Thibaut G., le Samedi 07 Mars 2020 à 12h52  
par Un ragoteur des lumières en Île-de-France, le Samedi 07 Mars 2020 à 12h21
Expliques.
On a des infos divergentes ou très différentes. Aux US on dit que le virus survit + de 28 jours sur une surface inerte (plastique ou métal) par moins de 4°C, 9 heurs par 20°C. Une source Allemande 9 jours sans préciser la température mais quelques minutes à 30°C.
Une entreprise avec laquelle je travaille passe au 100% télétravail, coms/meetings par internet, recommande de faire de rester chez soi, faire des stocks, pas sortir pour continuer à travailler.
Un grand groupe, avec lequel je suis en contact, impose exactement le contraire, histoire de braver.
En Chine on a d'abord annoncé sur les infectés : 2% de décès entre 30/40 ans, 4% antre 40/50, 15% entre 50/60, 30% antre 60/80, 20% pour les + de 80. Aujourd'hui ils balancent autre chose largement à la baisse (mais tout de même inquiétant). On sait qu'ils sous-évaluent volontairement dès qu'ils peuvent.
je t'invite à ne pas écouter forcément les chinois sur la mutation des virus, et la seule conduite à tenir est la suivante : tu as de signes de grippe, à savoir asthémie, fièvre, tu restes chez toi. Si tu y ajoutes des difficultés respiratoires, tu fous ton masque et tu files aux urgences. Y a rien d'autre à faire et c'est le manque de civisme des gens qui propage le virus. point final, le reste c'est de la merde de journaleux type BFMTV. je leur fais assez d'examens dans mon job pour savoir quelle est l'attitude à avoir. C'ets à en devenir aussi con qu'une b.te ce qu'on entend et lit..
par Un ragoteur des lumières en Île-de-France, le Samedi 07 Mars 2020 à 12h37  
par Un ragoteur dubitatif pas en Nouvelle-Aquitaine, le Jeudi 05 Mars 2020 à 20h07
Ce qui me gêne c'est que seules les entreprises US en bénéficient (au travers de leurs contrats avec les universités US qui font tourner ce type de projet).

Au moins, avec la recherche fondamentale des autres projets BOINC, pas de tel "conflit d'intérêt", du moins pas de façon directe.
Dans ce cas c'est clairement l'université de Washington.
D'après ce que j'ai compris BOINC peut être installé sur d'autres serveurs qu'à Berkeley. Je n'ai trouvé aucun projet trouvé autour du coronavirus, en France, en Europe. A première vue.
De plus les projets semblent franchement dater, un peu comme si c'est en grande partie mort ou replié dans les universités.
lien
par Un ragoteur des lumières en Île-de-France, le Samedi 07 Mars 2020 à 12h28  
De plus un épidémiologiste connu raconte sur youtube, en gros, que pour maîtriser une épidémie, le gouvernement doit raconter des bobards à la population. Il est clair que la population doit réagir contre ça et rechercher la vérité. Et les chiffres, même sous-estimés, parlent, et en disent beaucoup plus que les racontards officiels. Pas besoin d'être médecin pour les interpréter. Les types qui sont morts sont pas des morts-vivants qui se réveilleront plus tard en réa.
par Un ragoteur des lumières en Île-de-France, le Samedi 07 Mars 2020 à 12h21  
par Thibaut G., le Vendredi 06 Mars 2020 à 19h42
tu inquiètes pas mais tu racontes conneries sur conneries sur un sujet que tu ne maitrises pas, et auquel je suis confronté tous les jours. Tu devrais ne rien dire, c'est le mieux, autant tu peux faire illusion sur le hard jemporte, mais sur celui-là tu tapes direct dans ma profession.
Expliques.
On a des infos divergentes ou très différentes. Aux US on dit que le virus survit + de 28 jours sur une surface inerte (plastique ou métal) par moins de 4°C, 9 heurs par 20°C. Une source Allemande 9 jours sans préciser la température mais quelques minutes à 30°C.
Une entreprise avec laquelle je travaille passe au 100% télétravail, coms/meetings par internet, recommande de faire de rester chez soi, faire des stocks, pas sortir pour continuer à travailler.
Un grand groupe, avec lequel je suis en contact, impose exactement le contraire, histoire de braver.
En Chine on a d'abord annoncé sur les infectés : 2% de décès entre 30/40 ans, 4% antre 40/50, 15% entre 50/60, 30% antre 60/80, 20% pour les + de 80. Aujourd'hui ils balancent autre chose largement à la baisse (mais tout de même inquiétant). On sait qu'ils sous-évaluent volontairement dès qu'ils peuvent.