Vous pouvez maintenant combattre COVID-19 sur votre PC avec Folding@Home

Commençons en rappelant que Folding@Home est un projet informatique animé par l'Université de Stanford actif depuis 2000 (et paf, coup de vieux instantané), dont l'objectif a toujours été d'en apprendre davantage sur le repliement des protéines dans le but de mieux lutter contre les maladies. La particularité, c'est que le programme se base essentielement sur les contributions bénévoles d'utilisateurs comme vous et nous et de la puissance souvent dormante de leurs PC domestiques (et même la PS3 entre 2007 à 2012, et smartphones Android de 2015 à 2018), plutôt que d'avoir recours à un seul gros superordinateur. Ainsi, c'est en concentrant cette puissance de calcul d'un public volontaire sur des problèmes singuliers que l'organisation peut cumuler une puissance digne d'un superordinateur, mais sans le coût que celui-ci représenterait.

Ensuite, plaçons la chose dans son contexte. À l'origine, les protéines sont formées d'une ou plusieurs chaînes polypeptidiques, mais pour être fonctionnelles dans le corps humain, celles-ci sont repliées dans une structure tridimensionnelle et c'est dans cette forme que les protéines sont présentes à la surface des cellules, et déterminent ce qui entre et sort d'une cellule. Ce fonctionnement vaut aussi pour le dernier des coronavirus (COVID-19, aussi appelé 2019-nCoV), qui possède des protéines de surface en forme de pointes. Le travail de recherche n'est pas encore terminé, mais les 1ers résultats semblent indiquer que le virus se sert du récepteur ACE2 - une protéine de surface cellulaire présente sur les cellules épithéliales alvéolaires AT2 du poumon - pour déclencher l'infection virale des cellules AT2 du poumon.

Le fameux virus et ses "épines".

Bref, pour tenter d'empêcher ou d'arrêter l'infection, il faut donc trouver un moyen de bloquer la protéine présente à la surface du virus, en empêchant le virus de se lier aux protéines de nos propres cellules et de déclencher l'infection virale. Pour y arriver, des simulations informatiques doivent être exécutées afin de découvrir les différentes formes de cette protéine de surface du virus, ainsi que les formes de protéines requises pour arriver à bloquer celle-ci.

Évidemment, un tel travail sur des protéines très complexes, composées de centaines de molécules pliées différemment, nécessitera forcément une très grosse puissance de calcul, d'où la décision récente de l'Université de Stanford d'allouer maintenant une partie des ressources de son programme Folding@Home à la recherche sur 2019-nCoV en laissant le choix par défaut "any disease", et en sachant cependant qu'il est toujours possible de sélectionner  la maladie de votre choix via l'interface. Voilà, si vous souhaitez rejoindre le consortium Folding@Home et participer, quelle que soit la taille des muscles de votre machine, que ce soit contre le COVID-19 ou une autre maladie, vous trouverez tout le nécessaire ci-dessous.

Pour ceux qui ne connaissent pas encore le programme, sachez qu'il est possible de définir exactement l'allocation de ressources - CPU et GPU - de votre machine, à quel moment le faire et la limite de puissance ; il va de soi qu'une allocation plus ou moins élevée aura forcément un impact sur la consommation et la chauffe de votre machine, et donc la facture électricité. Enfin, Folding@Home n'est pas fanboy, le programme fonctionne (parfois mieux, parfois moins bien selon la compatibilité des pilotes et de l'existence d'un support au sein du programme) avec la majorité du hardware Intel, AMD, et NVIDIA, et sous Windows, Ubuntu, Mint, Debian, MacOS.